Une grande confusion règne quant à l’origine du bichon havanais. On pense qu’il est apparu au début du 19e siècle. A cette époque, beaucoup de voyageurs s’installent à La Havane avec leurs chiens, essentiellement des caniches. Les Cubains affirment que les croisements entre ces nouveaux petits chiens et les chiens vivant à l’époque à Cuba ont donné naissance au bichon havanais. Durant la révolution de Cuba, la plupart des propriétaires souvent aisés de chiens de race, repartent avec leurs chiens aux Etats-Unis. Certains de ces chiens, cependant, restent à Cuba.

Il existe d’autres théories selon lesquelles le Havanais descendrait du Maltais ou encore, conjointement du Maltais et du chien de Ténériffe.

Il faut attendre les années 70 pour voir la race du Havanais se fixer et  commencer à se développer aux Etats-Unis.

Pour ce qui concerne le Havanais et notre continent, c’est en 1982 seulement, que les premiers Havanais sont importés des Etats-Unis en Allemagne, puis en Suisse, et en 1984, en Hollande. Plus tard, vers 1989, le Havanais apparaît dans les pays de l’Est. Bien que présent pratiquement dans toute l’Europe, le bichon havanais reste un chien peu répandu.